Głównym ośrodkiem oddziaływania duszpasterskiego franciszkanów było kaznodziejstwo. Kazania głosili bracia nie tylko w kościołach swoich i obcych, ale przede wszystkim na placach miejskich i rynkach, wykorzystując do tego odbywające się targi, sesje sądów publicznych lub inne sytuacje, które prowadziły rzesze ludzi. Aczkolwiek bracia kapłani mieli prawo w nauczaniu poruszać kwestie dogmatyczne, w popularnym nauczaniu ludowym poruszali przede wszystkim zagadnienia moralne, zgodnie ze wskazaniem św. Franciszka w Regule.
Już od czasów św. Franciszka Bracia Mniejsi byli obecni w Ziemi Świętej, od 1219 r. stanowiący formalną kustodię. Opiekując się miejscami związanymi z życiem Jezusa Chrystusa i Najświętszej Maryi Panny, przeszczepili do Europy znane w Jerozolimie od czasów starożytnych nabożeństwo Drogi Krzyżowej.
Drugim ważnym środkiem duszpasterskiego oddziaływania Braci Mniejszych było sprawowanie sakramentu pojednania. Już w bulli Innocentego IV ?Cum tamcuam veri” z 1250 r. otrzymali franciszkanie prawo spowiadania także w zakresie spowiedzi wielkanocnej /aż do 1918 r. prawo kościelne zobowiązywało, że spowiedź wielkanocną należy odbyć przed własnym proboszczem lub przed kapłanem upoważnionym przez proboszcza/. W parze ze spowiednictwem rozwijało się kierownictwo sumień, a z kolei tą drogą pozyskiwano wiernych do życia duchowością franciszkańską.
Realizacja duchowości franciszkańskiej formę organizacyjną przyjmowała w Trzecim, Zakonie Franciszkańskim. Ten ostatni w epoce średniowiecza cieszył się dość znaczną autonomią: tercjarze sami decydowali, czy w danej miejscowości będą prowadzić życie tercjarskie indywidualnie, czy w formie kongregacji. Kościół Pierwszego Zakonu był jednak dla nich zawsze miejscem odprawiania nabożeństw, dokonywania obłuczyn, składania profesji, słuchania kazań itd.
Oprócz wspomnianego już kultu Męki Pańskiej i nabożeństwa Drogi Krzyżowej franciszkanie w średniowieczu przyczynili się do za prowadzenia lub rozpowszechnienia następujących nabożeństw: do św. Józefa i do św. Anny, koronki Siedmiu Radości i Siedmiu Boleści N.M.P. /koronka franciszkańska zwana też niekiedy różańcem franciszkańskim/, do Dzieciątka Jezus /zwłaszcza ustawianie żłóbka bożonarodzeniowego w kościołach/. Franciszkańskiego pochodzenia jest modlitwa ?Anioł Pański” wraz z dzwonieniem. Bracia Mniejsi przyczynili się też do upowszechnienia brewiarza w wersji rzymskiej, co więcej: gdy w poszczególnych diecezjach narastały rozmaite zwyczaje lokalne, franciszkanie trzymali się tradycji rzymskiej tak wiernie, że na praktyce brewiarza franciszkańskiego oparł papież Pius V reformę brewiarza na Soborze Trydeńskim. Po średniowiecznej działalności duszpasterskiej franciszkanom pozostał w Kościele kult Niepokalanego Poczęcia N.M.P. i Narodzenia N.M.P.
Organizacyjnie Bracia Mniejsi stanowili w średniowieczu społeczność międzynarodową. W XIII w. znaleźli się we wszystkich krajach europejskich i wszędzie też mieli rodzime powołania. Najwyższą władzę zakonu stanowiła kapituła generalna, która wybierała generała i 8 definitorów. Składała się ona z prowincjałów i kustoszów /delegatów prowincji/. Najwyższym organem władzy w prowincji była kapituła prowincjalna, która wybierała prowincjała i /od lat siedemdziesiątych XIII w./ 3-5 definitorów prowincjalnych. W kapitule prowincjalnej uczestniczyli przełożeni klasztorów konwentualnych /nie pustelni/ i po jednym delegacie z każdego większego klasztoru. Kapituła prowincjalna nie miała jednak władzy stanowienia praw.
W każdej prowincji istniał nowicjat oraz studium teologii przygotowujące kandydatów do kapłaństwa. Wykładowców studium nazywano lektorami. Oprócz tego generał zakonu tworzył niekiedy tzw. studium generalne, a więc rodzaj uczelni wewnątrzzakonnej, zorganizowanej na podobieństwo uniwersytetu, która była otwarta dla braci ze wszystkich prowincji. Od poł. XIV w. wymagano, aby lektorzy byli absolwentami któregoś ze studiów generalnych. Istniały one m.in. w Oksfordzie, Paryżu, Bolonii, Padwie, Kolonii.
Prowincjał obowiązany był do wizytacji domów i braci. Odbywał ją, podróżując pieszo, tak, aby w ciągu trzechlecia obejść wszystkie klasztory prowincji. Dlatego z reguły w średniowieczu prowincjałowie nie miewali stałych siedzib klasztornych.
W XIII/XIV w. franciszkanie wydali wielu uczonych i pisarzy. Już za życia św. Franciszka /1224 r./ pojawili się pierwsi bracia wykładający na uniwersytetach, np. Aleksander z Hales. Praktykę tę, niezbyt chętnie widzianą przez zwolenników ?observantia extrema”, usankcjonowały jednak Konstytucje Narbońskie. Do najwybitniejszych franciszkanów, filozofów i teologów, twórców lub współtwórców tzw. szkoły franciszkańskiej /wspólny system filozofii i teologii, bazujący na augustynizmie/ zaliczamy następujących braci:
– Aleksander z Hales /+ 1245/. Wstąpił do Braci Mniejszych jako profesor w Paryżu. Pierwszy filozof w zakonie. W doktrynie próbował łączyć Arystotelesa i Augustyna.
– Antoni z Padwy /ok. 1195-1231/. Aczkolwiek nie pozostawił po sobie żadnej wielkiej syntezy filozoficznej czy teologicznej, w traktatach jednak i kazaniach zdradza doskonałą znajomość Pisma Świętego, dogmatyki i Ojców Kościoła.
– Bonawentura /ok. 1217-1274/. Filozof i teolog, uczeń Aleksandra z Halles, rozwinął syntezę arystotelizmu i augustynizmu.
– Roger Bacon /o. 1210 – ok. 1294/. Do Braci Mniejszych wstąpił już po studiach. Filozof, przyrodnik, językoznawca, zwolennik empiryzmu.
– Jan Duns Szkot /ok. 1270-1308/. Filozof i teolog, twórca w scholastyce nowego prądu, zwanego od jego imienia szkotyzmem. Jeden z pierwszych zwolenników nauki o Niepokalanym Poczęciu N.M.P.
– Wilhelm Ockham /ok. 1300 – ok. 1350/. Umysłowość krytyczna i sceptyczna, stąd w pewnym okresie podejrzany o herezję.
Inne postacie: Jan de la Rochelle, Wilhelm z Melitony, Adam z Marsh, Jan Peckham, Ryszard z Mediavilla, Mateusz z Acquasparta.
Działalność kaznodziejska i wykładanie teologii skierowały wielu uczonych franciszkańskich w stronę mistyki. Oprócz wspomnianych już, Antoniego z Padwy i Bonawentury, inni pisarze mistycy: Dawid z Augsburga, Bertola z Ratyzbony, Jan z Calvoli, Jacopone da Todi /twórca sekwencji ?Stabat Mater”/, Franciszek z Meyronnes.