Za czasów św. Bonawentury ruch nie zanikł, ale przestał odgrywać głośniejszą rolę, zresztą i przedtem na tle reszty “observantia extrema” bracia ci nie wybijali się zbytnio. Doszli do głosu natomiast po śmierci św. Bonawentury.
W sytuacji wprowadzenia Konstytucji Narbońskich i wcześniejszego zawieszenia przez kapituły generalne obowiązywalności bulli Innocentego IV “Ordinem vestrum” /1251 i 1254 r./ odżyła sprawa zachowywania Testamentu św. Franciszka i papieskich interpretacji Reguły. W łonie “observantia extrema” pojawiły się głosy, że zgodnie z intencją św. Franciszka wyrażoną w Testamencie Regułę należy zachować “bez wyjaśnień'” /łac.: sine glossa/. Jakiekolwiek zatem interpretacje papieskie, konstytucje czy wyjaśnienia kapituł generalnych nie mogą mieć i nie mają mocy wiążącej. Regułę należy zachować “w duchu katolickim”. /Testament św. Franciszka/.
W swych teoriach bracia ci jednak kładli akcent na słowa “zachować w duchu”, stąd nazwani zostali “franciszkanie spirytualni” /w użyciu była też popularna nazwa ludowa: fraticelli – braciszkowie/. Przyszłość zaś pokazała, że niewiele mieli wspólnego z katolickością.
Ruch franciszkanów spirytualnych nie był ruchem jednolitym. W gronie tym byli bracia autentycznie święci, którzy nie myśleli o niczym innym jak tylko o własnej doskonałości, do której drogę widzieli w zachowaniu Reguły “sine glossa”, nikomu jednak nie zamierzali narzucać swojej drogi; co najwyżej oczekiwali oficjalnej aprobaty dla swego sposobu życia. Byli jednak i tacy, którzy ten sposób życia chcieli narzucić całemu zakonowi, a nawet całemu kościołowi.
Za jednego z promotorów ruchu franciszkanów spirytualnych uważa się Piotra Oliviego. Zakonnik osobiście bardzo rozmodlony i umartwiony, pozostawia jednak po sobie pisma przesiąknięte doktryną Joachima z Fiore, względem której poszedł krok dalej, dopatrując się zapowiedzianej przez Joachima epoki Ducha Świętego w zakonie franciszkańskim, o ile tenże będzie praktykował życie w doskonałym ubóstwie. I aczkolwiek Piotr Olivi odwołał swoje błędy, skoro zostały one potępione przez kapituły generalne w 1282 r., 1285 r. i 1287 r., tak że zmarł w 1298 r. pojednany z Kościołem, tezy jego o braciach mniejszych jako uobecniających epokę Ducha Świętego stały się “wodą na młyn” ruchu spirytualnych .
Z chwilą pojawienia się pierwszych wystąpień spirytualnych w kwestii rozumienia Testamentu i zachowywania Reguły “sine glossa” generał Bonagracjusz Tielci /1279-1283/ zwrócił się do papieża Mikołaja III o ponowną oficjalną interpretację Reguły i potwierdzenie dotychczasowych przywilejów zakonu otrzymanych od Stolicy Apostolskiej. Generał liczył, że autorytet papieski wpłynie na spirytualnych. Papież powołał komisję, złożoną z kardynałów wywodzących się z zakonu oraz kilku teologów-franciszkanów, a w wyniku jej prac ogłosił 14 VIII 1279 bullę-deklarację “Exiit qui seminat”, która wyjaśniła wszystkie punkty Reguły budzące kontrowersje, nie wnosząc jednak nowych ustaleń w stosunku do dotychczasowych bulli i Konstytucji Narbońskich.
Spirytualnym wszakże, szczególnie tym, którzy chcieli swój punkt widzenia narzucić całemu zakonowi, nie chodziło o jakąkolwiek interpretację Reguły. W ich mniemaniu każda interpretacja była złamaniem zasady “sine glossa”. Co więcej, zaczęli zupełnie otwarcie występować z tezą, że skoro Reguła sprowadza się do zachowania Ewangelii, jest na równi z Ewangelią natchniona i nikt, nawet papież, nie ma prawa jej interpretować, zmieniać, wyjaśniać, co obowiązuje, a co nie; kto by to czynił, jest heretykiem, tak jak ten, kto odrzuca Ewangelię lub próbuje ją zmieniać.
Nie czekając na odgórne rozwiązanie problemu, poszczególni prowincjałowie /zwłaszcza w północnej Italii/ na własną rękę próbowali ukrócić poczynania spirytualnych, m.in. osadzając ich w karcerach. Tak np. znalazł się w karcerze przywódca spirytualnych w Marchii, uzdolniony pisarz i polemista, Anioł Clarenus. Rozwinął on szeroką kampanię pisarską w obronie spirytualnych, przedstawiając w swych dziełach, jakoby spirytualni byli wyrazicielami prawdziwego ducha franciszkańskiego, od którego odeszła reszta zakonu, sam zaś zakon odrodzi się, gdy przyjmie spirytualną interpretację Reguły, przedtem jednak musi przejść dla oczyszczenia przez udręki i doświadczenia, które właśnie nastąpiły. Pisma Anioła Clarenusa spowodowały sporo zamętu w zakonie, wielu bowiem braci przyjmowało ich treść w dobrej wierze i jeśli nawet nie utożsamiali się z ruchem, to byli skłonni przyjąć, że niewinnym braciom, chcącym żyć gorliwiej, dzieje się krzywda.
Stolica Apostolska wobec spirytualnych zajęła postawę wyczekującą, uważając rzecz całą za wewnętrzny problem zakonu. Próbą rozwiązania problemu ze strony zakonu było w1290 r. uwolnienie Anioła Clarenusa z więzienia przez generała zakonu, Rajmunda Godefroy i wysłanie wraz z grupą spirytualnych na misje do Armenii, gdzie sam Godefroy popierał spirytualnych, widząc w nich zdrowszy odłam zakonu i spodziewając się, że przyczynią się oni do odnowy całej społeczności zakonnej. Gdy po trzech latach spirytualni wrócili z Armenii, gdzie w międzyczasie popadli w konflikt z innymi misjonarzami franciszkańskimi tam przebywającymi – poszło oczywiście o Regułę, Testament i interpretacje papieskie, ich macierzyści prowincjałowie odmówili przyjęcia. Generał, sam w tym czasie spotykający się z opozycją wśród braci, właśnie ze względu na sympatie do spirytualnych, przedstawił sprawę papieżowi Celestynowi V.
Papież Celestyn V, sam zwolennik surowego życia zakonnego, nie znajdując innego rozwiązania problemu, wyłączył spirytualnych z zakonu, utworzył z nich osobną wspólnotę zakonną pod nazwą “ubodzy eremici” /potoczna nazwa: celestyni/ i pozwolił na życie w pustelniach, z zachowaniem Reguły św. Franciszka bez interpretacji papieskich; o Testamencie nie było mowy. Gdy jednak po kilku miesiącach /cała rzecz rozgrywała się w 1294 r./ papież zrezygnował z kierowania Kościołem i jego następcą wybrano Bonifacego VIII, celestyni wystąpili przeciwko abdykacji Celestyna V i zakwestionowali prawomocność wyboru Bonifacego III. Papież Bonifacy VIII, przeciwnik jakichkolwiek podziałów w zakonie, bullą ?Olim Coelistinus” z 8 IV 1295 zniósł odrębność grupy, włączając ją na powrót do Braci Mniejszych. Spirytualni zareagowali buntem.
Przedstawione wyżej wypadki odnosiły się do spirytualnych w prowincjach marchijskich. Nie brali w nich udziału spirytualni prowincji Prowansji, związani bardziej /przynajmniej we własnym mniemaniu/ ze wspomnianym już Piotrem Olivi. Piotr, płodny pisarz, w swoich komentarzach do Reguły św. Franciszka propagował zasadę “usus pauper arctus”, tzn. że braciom przysługuje tylko prawo używania rzeczy absolutnie koniecznych do życia . Jakkolwiek Piotr nie miał chyba intencji narzucania tej zasady – była ona jego prywatnym sądem, dla spirytualnych w Prowansji stała się normą. Ponadto za spirytualnymi prowansalskimi opowiadał się król Neapolu, Karol II, broniąc ich przed generałami zakonu, jako dobrych zakonników. W przeciwieństwie do spirytualnych marchijskich, prowansalscy nie występowali przeciwko Stolicy Apostolskiej: Piotr Olivi np. skierował w 1295 r. list do Piotra z Macerata, jednego z przywódców spirytualnych w Marchii, ganiąc go za atakowanie Stolicy Apostolskiej i przestrzegając, że taka postawa wcześniej czy później musi doprowadzić do herezji.
Na interwencję króla Neapolu, Karola II, generał zakonu, Gonsalwus Hiszpan, przedłożył Stolicy Apostolskiej prośbę o rozstrzygnięcie, czy można trzymać się zasady “usus pauper arctus” i co począć z pismami Piotra Oliviego. Dla rozstrzygnięcia sprawy papież Klemens V powołał specjalną komisję i wniósł kwestię na obrady Soboru w Vienne. Zanim nastąpiło rozstrzygnięcie, w zakonie rozgorzała polemika. Spirytualni dowodzili w swoich pismach, że zakon nie zachowuje Reguły, panuje w nim rozprężenie moralne, a spirytualni są jedynym zdrowym odłamem, zdolnym do zaprowadzenia reformy. Pozostała część zakonu w pismach swoich reprezentantów dowodziła, ze to właśnie spirytualni są tymi, którzy występują przeciw Stolicy Apostolskiej, niszczą jedność zakonu i wnoszą do wspólnoty herezję /naukę Joachima z Fiore/. Na zaciętego polemistę po stronie spirytualnych, a stopniowo także na ich duchowego przywódcę zaczął w tym czasie wyrastać Hubertyn z Casale.
Aby zakończyć spory, papież Klemens V na ostatniej sesji Soboru w Vienne ogłosił dwie bulle /6 V 1312/: “Fidei catholicae fundamenta”, w której potępia naukę Piotra Oliviego, nie wymieniając go wszakże po imieniu, oraz “Exivi de paradiso”, poświęconą dyscyplinie w zakonie. Tym ostatnim dokumentem papież potwierdził zasadę “usus pauper”, odrzucając “usus pauper arctus”, przypomniał, że zakon i poszczególni bracia mają jedynie prawo używania rzeczy koniecznych, właścicielem jest Stolica Apostolska. Ponadto papież wyróżnił w Regule 25 przykazań obowiązujących pod grzechem, 12 zachęt, sześć upomnień i sześć wolności oraz orzekł, że obowiązek zachowania odnosi się tylko do przykazań, nie zaś do zachęt czy upomnień, tym bardziej wolności.
Dzielenie Reguły na przykazania, zachęty, upomnienia i wolności nie pochodziło bynajmniej od papieża Klemensa V. Spotykamy je w najstarszych komentarzach, np. u św. Bonawentury, w Expositio cuattuor magistrorum z 1241 r. We wszystkich jednak tych pismach podział ów miał charakter prywatny i nie był zobowiązujący, poza tym – rzecz jasna – różny on był w różnych komentarzach. Teraz otrzymał rangę oficjalną jako papieska wykładnia Reguły. Oczywiście nietrudno zauważyć, że takie “poszatkowanie” Reguły niosło ze sobą niebezpieczeństwo kazuistycznego jej traktowania, a co za tym idzie ? sprowadzenie całego życia franciszkańskiego do zachowania przykazań Reguły, co jak najdalsze było od myśli św. Franciszka. Niemniej podzielenie Reguły na przykazania, zachęty, upomnienia i wolności przetrwało w praktyce zakonnej aż do Soboru Watykańskiego II.
Tymczasem spirytualni, wsparci licznymi pismami Hubertyna z Casale, zaczęli nawet siłą zajmować klasztory, jak to miało miejsce w Toskanii i na Sycylii. Generał zakonu, Michał Fuschi, nie mogąc opanować sytuacji, zwrócił się o pomoc do papieża Jana XXII.
Papież przystąpił do działania. W 1317 r. wezwał imiennie 62 najbardziej aktywnych spirytualnych do Awinionu, tam uwięził ich i nakazał wyrzeczenie się dotychczas głoszonych nauk. W wydanej 7 X 1317 bulli “Quorundam exigit” pochwalił dotychczasowe papieskie interpretacje Reguły i nakazał jeszcze raz wszystkim Braciom Mniejszym przyjęcie ich oraz przypomniał zakres ślubu posłuszeństwa. Większość spirytualnych poddała się temu orzeczeniu /uwięzieni musieli uczynić to na piśmie i wobec świadków – skorzystali na ogół z tej możliwości/. Najbardziej opornych spirytualnych w liczbie 25 poddano sądowi inkwizycyjnemu, po którym 20 także poddało się orzeczeniom papieskim, jeden – Anioł Clarenus – został uwolniony, ponieważ oświadczył, że nie należy do zakonu, Braci Mniejszych, lecz do zakonu Celestynów /!/, czterech zostało spalonych na stosie. Z pogromu ocalał Hubertyn z Casale, który w obliczu uwięzienia prosił papieża o pozwolenie na przejście do benedyktynów, z czego zresztą potem nie skorzystał.
23 I 1318 papież Jan XXII wydał bullę “Gloriosam Ecclesiam”, w której ogłosił spirytualnych za heretyków i postawił im następujące zarzuty: określali Kościół jako cielesny i zepsuty, tylko sobie przypisywali poprawne rozumienie Ewangelii i zachowywanie jej, nauczali, że kapłani w stanie grzechu nieważnie sprawują sakramenty, głosili potępione tezy Joachima z Fiore.
Resztki spirytualnych pojawiały się jeszcze tu i ówdzie aż do XV w., ale nie miały już jakiegokolwiek znaczenia. Ruch, który tyle szkody wyrządził zakonowi, zanikł ostatecznie.