Bezpośrednio po śmierci Franciszka w zakonie rozgorzała dyskusja, jak rozumieć Testament Świętego Ojca i jaką ma on moc. Dla braci opowiadających się za życiem wędrownym lub pustelniczym w całkowitym ubóstwie, Testament był wyrazem wezwań Poverella do zachowania takiego właśnie sposobu życia. Dla braci preferujących studia i duszpasterstwo Testament był z kolei potwierdzeniem ich oczekiwań. Podziały w zakonie przebiegały też pomiędzy przyznaniem Testamentowi mocy obowiązującej na równi z Regułą, traktowaniem go jako komentarza do Reguły, czy wreszcie odrzuceniem.
Jeszcze za życia Franciszka Bracia Mniejsi stawali się popularni wśród ludzi, a opierając swoją egzystencję codzienną na ofiarności ludzkiej, gromadzili wokół siebie krąg dobrodziejów, których hojność niekiedy przekraczała rzeczywiste potrzeby braci co do ilości ofiar, lub też oferowała rzeczy, których bracia nie mogli przyjąć ze względu na zakaz Reguły /np. pola, winnice/, czy wreszcie bywały to rzeczy nie odpowiadające wymaganiom ubóstwa /budynki/. Coraz częściej bywało też, że dobrodzieje ofiarowywali pieniądze.
Stosunek braci do Testamentu św. Franciszka, do pieniędzy i w ogóle do dóbr materialnych sprawił, że w zakonie rychło po zgonie Serafickiego Ojca zaczęty zarysowywać się trzy kierunki.
Pierwszy, zwany “observantia extrema”, odrzucający możliwość posługiwania się pieniędzmi i przyjmowania jakichkolwiek dóbr materialnych, negujący potrzebę nauki i studiów, a nawet pracy kaznodziejskiej, preferujący życie wędrowne lub pustelnicze. Skupiał się on wokół niektórych pierwszych towarzyszy Franciszka, Idziego, Leona /być może innych/. Wysunięte w XIII w. twierdzenie, jakoby jego duchowym przywódcą był Cezary ze Spiry, nie da się utrzymać, niemniej kierunek ten bywa niekiedy określany nazwą “cezaryni”.
Drugi, zwany “observantia laxata”, dążył do ukształtowania zakonu we wspólnotę oddaną studiom, pracy kaznodziejskiej, w konsekwencji zaś posługującą się pieniędzmi, zaopatrzoną w księgi, lokującą się w murowanych, odpowiednio obszernych konwentach z własnymi kościołami. Skupiał się on wokół wikariusza generalnego /do 1227 r. /, Eliasza z Kortony. Wreszcie kierunek trzeci, zwany “observantia mitigata”, stał na stanowisku, że bracia muszą być przygotowani do pracy kaznodziejskiej poprzez studia, ale z dawaniem prymatu życiu modlitwy. Potrzeby codzienne winny być zaspokajane w naturze, a nie w pieniądzach, a drogą ich zdobycia ma być praca lub kwesta. Budynki są konieczne, zwłaszcza na potrzeby studiów i braci chorych, ale mają być skromne, najlepiej zaś, gdyby bracia osiedlali się przy szpitalach lub leprozoriach /przytułkach dla trędowatych/. Życie pustelnicze jest pożądane, ale tylko dla odnowy ducha i gorliwości lub jeśli ma się do tego specjalne powołanie, podróżować należy pieszo, ale za wiedzą i zgodą przełożonych, włóczęgostwo jest nie do przyjęcia. Kierunek ten wyznawała chyba zdecydowana większość braci, jego wyrazicielem był m.in. św. Antoni z Padwy.
W okolicznościach zachodzących kontrowersji, które na dłuższą metę groziły rozbiciem jedności zakonu, papież Grzegorz IX, dawny kardynał Hugolin di Segni bullą ?Quo elongati” dokonał oficjalnej interpretacji Reguły /28 IX 1230/. Według tejże bulli Testament św. Franciszka nie ma mocy obowiązującej, moc taką ma tylko Reguła. Bulla postanawiała nadto, że w kapitułach generalnych mają brać udział ? oprócz prowincjałów – delegaci /kustosze/ po jednym z każdej prowincji, zakon jako taki ani poszczególni bracia nie mogą posiadać żadnej własności, ale przysługuje im prawo używania rzeczy koniecznych do życia i pracy, jednakże tytuł własności pozostaje przy ofiarodawcach, w przeciwnym wypadku przechodzi na Stolicę Apostolską, ponadto poszczególne klasztory, a w razie potrzeby także prowincje mają wybrać przyjaciół duchownych z grona ludzi świeckich, tzw. nuntii, którzy będą na rzecz zakonu przyjmować jałmużny w pieniądzach i nimi dysponować według rozporządzenia przełożonych.
Grzegorz IX, dawny kardynał – protektor zakonu, osobiście znający Franciszka, uważał się odpowiedzialny za kształt i życie zakonu, stąd jego inicjatywa w wydaniu bulli “Quo elongati”. Papież wyraźnie stanął po stronie “observantia mitigata”. Generał zakonu, Jan Parens / 1227-1232 / uzyskał w 1231 r. od papieża następną bullę, “Nimis iniqua”, w myśl której zakon został oficjalnie polecony opiece biskupów, a ponadto otrzymał prawo swobodnego głoszenia kazań, sprawowania sakramentów i wznoszenia własnych świątyń, które byty wyjęte spod jurysdykcji biskupa /tym bardziej proboszcza/.
Obrany generałem zakonu w 1232 r. Eliasz z Kortony /poprzednio już wikariusz w l. 1221-27/ był człowiekiem rzutkim, zdolnym organizatorem. Położył duże zasługi dla zorganizowania pracy duszpasterskiej i studiów. Identyfikował się wszakże z ?observantia laxata”. Na polecenie Stolicy Apostolskiej rozpoczął budowę bazyliki św. Franciszka w Asyżu /Sacro Convento/, nakazując braciom zbieranie ofiar na ten cel, co spowodowało wręcz bunt. Swoją drogą Eliasz rządził zakonem w sposób autorytarny: nie zwoływał kapituł, a braci będących w opozycji więził lub usuwał z zakonu. Postawa jego spowodowała umocnienie się “observantia laxata”, co z kolei spowodowało reakcję “observantia extrema” i dało podwaliny pod ruch franciszkanów spirytualnych w późniejszych latach. Wreszcie w sporach cesarstwa ze Stolicą Apostolską Eliasz trzymał stronę cesarza, co ostatecznie przyczyniło się do jego klęski. Na zwołanej w 1239 r. kapitule generalnej w Rzymie, za sugestią Stolicy Apostolskiej Eliasza uznano za “niezdolnego do służenia wspólnemu dobru”, a generałem wybrano Alberta z Pizy. Postanowiono ponadto, że kapituła generalna stoi ponad generałem /jej decyzje są dla niego wiążące/, ponadto generałowi dodano kilku braci, których rady miał zasięgać przed podjęciem każdej ważniejszej decyzji /początki definitorium generalnego/; liczba tych braci nie była zrazu określona.
Za następnego generała, Haymona z Faversham postanowiono /prawdopodobnie w 1242 r. /, że urzędy zakonne zastrzeżone są dla braci mających święcenia kapłańskie. Nie jest jednak bliżej znana geneza i okoliczności wprowadzenia tej zasady; żaden dokument Stolicy Apostolskiej nie został wydany. Prawdopodobnie stało się to drogą zwyczaju lub zarządzenia generała. Haymo z Faversham uzyskał także szereg przywilejów papieskich w drobniejszych sprawach, m.in. przelanie z generała na prowincjałów prawa do egzaminowania kandydatów do kaznodziejstwa, tworzenie nowicjatów w poszczególnych prowincjach, prawo swobodnego wyboru biskupa do święceń.
Kryzys zakonu związany z osobą Eliasza z Kortony i umocnieniem się ?observantia laxata”, a nakładające się ciągle jeszcze świeże kontrowersje, które zaistniały zaraz po śmierci św. Franciszka i w gruncie rzeczy nie zostały rozwiązane, spowodował, że odżyły spory o obowiązywalność Testamentu oraz o prawną możliwość
korzystania z dóbr materialnych. Kolejny generał, Krescenty z Jesi, zwrócił się do Stolicy Apostolskiej o ponowne wyjaśnienie Reguły. Uczynił to papież Innocenty IV bullą “Ordinem vestrum” z 14 XI 1245. Jej mocą papież przejął na własność Stolicy Apostolskiej wszystkie dobra ruchome i nieruchome używane przez zakon, chyba, że fundatorzy zastrzegli sobie zachowanie tytułu własności. Zakonowi zostawił natomiast pełne prawo ich użytkowania. Następca Krescentego z Jesi, Jan Buralli z Parmy, zakonnik skądinąd bardzo świątobliwy i gorliwy w wypełnianiu obowiązków generała, uzyskał dalsze przywileje od Stolicy Apostolskiej: ustanowienie w każdej prowincji prokuratora dla zarządzania funduszami i dobrami zakonu /”Quanto studiosius”, 124l r./, uznanie kościołów zakonu za “konwentualne”, a więc przynależne do klasztoru, ale z prawami spełniania w nich czynności liturgicznych /sakramenty, Msza święta, kazania, używanie dzwonów/ dostępnych dla wszystkich wiernych /”Cum tamquam veri” 5 IV 1250, powtórzona 21 VIII 1252/, prawo swobodnego posługiwania się pieniędzmi dla braci prowadzących budowę bazyliki św. Franciszka z Asyżu /1253 r./, prawo zabierania przez zakon ruchomości, a sprzedaży nieruchomości, oprócz kościoła, przy opuszczaniu jakiegoś klasztoru /1250 r./, przechowywanie na stałe w kościołach zakonu Najświętszego Sakramentu /1252 r./, zakaz uzyskiwania przez braci jakichkolwiek godności kościelnych /także na terenach misyjnych/ bez każdorazowej zgody generała.
Liczne i szybko po sobie następujące przywilej wzbudziły mieszane uczucia wśród samych braci. Nie tylko “observantia extrema” ale i ?mitigata” zdała sobie sprawę, że przekroczona została pewna granica. Na kapitule generalnej w 1251 r. zawieszono korzystanie z postanowień bulli “Ordinem vestrum”, chcąc w ten sposób wrócić do stanu sprzed rządów Eliasza z Kortony. Była to jednak próba
chybiona i nie zdało się powtórzenie tej uchwały na kapitule w 1254 r. zakon coraz bardziej stawał się widownią walk przeciwstawnych sobie stronnictw, przy czym każde uważało, że ono najlepiej reprezentuje ducha św. Franciszka. Walki te pogłębiały się, gdy zważymy, że generał Krescenty z Jesi sprzyjał “observantia laxata”, Jan z Parmy – “observantia extrema”. Ten ostatni, mimo osobistej gorliwości, związał się z naukami Joachima z Fiore, cystersa /około 1135-1202/, który głosił, że dzieje świata rozpadają się na trzy epoki: Boga Ojca /Stary Testament/, Syna Bożego /Nowy Testament/, wreszcie Ducha Świętego, która ma dopiero nadejść, a zapanuje wówczas “Kościół duchowy”, złożony ze świętych, żyjących w klasztorach. Tym samym Jan z Parmy skompromitował się wobec zakonu, a Stolica Apostolska na przyspieszonej kapitule w 125l r. skłoniła go do rezygnacji z urzędu generała. Nad zakonem zawisła groźba kryzysu, a nawet podejrzenia o sprzyjanie herezji.