Po beztrosko spędzonej młodości i nieudanych próbach osiągnięcia godności rycerskiej, około 1206 r. wchodzi na drogę nawrócenia, na której przełomowym staje się dzień 24 II 1208, kiedy to słowa Ewangelii o rozesłaniu Apostołów Franciszek przyjmuje za skierowane do siebie i rozpoczyna życie w całkowitym ubóstwie, oddane głoszeniu Ewangelii, dokładniej zaś wzywaniu do pokuty. Intencją Franciszka nie było zakładanie nowego zakonu, w tym znaczeniu, że nie zamierzał gromadzić przy sobie uczniów i naśladowców, ci jednak przybyli sami już po kilku miesiącach . Zawiązująca się wspólnota potrzebowała jakiejś podstawy organizacyjno-normatywnej. Miało nią być kilka [ ].aprobował papież Innocenty III około 1209/1210 r.
Radykalizm Franciszka pociągał, skutkiem czego liczba braci rosła szybko. Na kapitule w 1217 r. /a więc po niespełna 9 latach!/ zgromadziło się około 3.000 braci. Dokonano na tejże kapitule podziału zakonu na prowincje oraz podjęto decyzję o wysłaniu braci na misje do muzułmanów. W wyniku postanowień kapituły zakon został przeszczepiony poza Alpy, choć jego rozwój terytorialny będzie postępował jeszcze w latach następnych. Misjami zajęła się także następna kapituła, w 1219 r. W wyniku jej postanowień Franciszek udał się osobiście do “niewiernych”: był wówczas w Ziemi Świętej i z bliska przyjrzał się poczynaniom krzyżowców.
Jednakże już na kapitule w 1219 r. doszło między braćmi do dość znacznych kontrowersji, zwłaszcza co do kształtu organizacyjnego zakonu. Część braci uważała, że jeżeli wspólnota ma poświęcić się kaznodziejstwu i misjom zagranicznym, konieczne są zorganizowane studia wraz z całym zapleczem /domy, księgi, profesorowie/. Część braci obstawała natomiast przy dotychczasowym stylu życia wędrowców, zarabiających na najkonieczniejsze utrzymanie jakąkolwiek pracą, lub oddających się modlitwie i kontemplacji w pustelniach. Innym problemem było, że w tak wielkiej masie ludzi siłą rzeczy trafiali się bracia nieodpowiedni, widzący w zakonie szansę wygodnego życia, bez troski o jutro, a nawet ludzie wątpliwi ortodoksyjnie. W tej kwestii musiała interweniować Stolica Apostolska: papież Honoriusz III bullą “Cum secundum” z 22 IX 1220 zakazał braciom wędrowania bez listów uprawniających od prowincjała, tzw. obediencji, a przyjmowanych do zakonu nakazał poddać rocznej próbie ? nowicjatowi.
W czasie pobytu Franciszka w Ziemi Świętej zakonem kierowali dwaj wikariusze: Mateusz z Narni i Grzegorz z Neapolu. Obaj, jak się wydaje, obstawali za upodobnieniem się zakonu do innych zakonów, a może nawet za przyjęciem przez Braci Mniejszych reguły benedyktyńskiej czy kanonickiej. Wprowadzili konstytucje, które przepisywały posty i umartwienia, dotąd niepraktykowane we wspólnocie, ustanawiały studia, określały zasady przyjmowania nowych fundacji i budowania klasztorów. Część braci nie godziła się na te innowacje, uważając je za zdradę ideałów.
Być może, że wiadomości o tym wszystkim dotarły do Franciszka do Ziemi Świętej. W każdym razie, gdy w 1220 r. wrócił do Italii, mógł sam być świadkiem, jaka ewolucja nastąpiła w zakonie. Jej materialnym ucieleśnieniem był np. klasztor w Bolonii, ogromny gmach murowany, stanowiący własność braci, w którym tamtejszy prowincjał, Jan z Stacchia, założył uczelnię teologiczną, wzorowaną na uniwersytetach. Z drugiej strony w zakonie coraz pilniejszą okazywała się potrzeba studiów wobec działalności kaznodziejskiej, a także zapewnienie należytej troski braciom chorym, zwłaszcza dotkniętym trwałym kalectwem, nabytym w czasie wypraw misyjnych.
Zdaje się, że sam Franciszek zrozumiał, iż rozrastającemu się braterstwu nie starczy za podstawę organizacyjną kilka zdań z Ewangelii i jego własny przykład: konieczny jest pewien dokument pisany, a ster zakonu winien znaleźć się w rękach osoby doświadczonej, wyznaczonej przez Stolicę Apostolską. Na prośbę Franciszka papież wyznaczył dla zakonu tzw. kardynała-protektora /funkcja ta przyjęła się od tego czasu w Kościele dla wszystkich zakonów, zniesiona została po II Soborze Watykańskim/, którym został Hugolin di Segni, biskup Ostii. Nowym wikariuszem wyznaczył Franciszek Piotra z Katanii, a po jego śmierci 10 III 1221 Eliasza z Kortony, sam zaś, przy współpracy br. Cezarego ze Spiry opracował tekst reguły, który nie ograniczał się tylko do cytatów biblijnych, lecz w bardziej szczegółowy sposób normował życie braci. Jest to tzw. Reguła niezatwierdzona.
Przedłożony przez Franciszka tekst reguły kapituła w 1221 r. uznała za zbyt obszerny. /Wyjaśnijmy w tym miejscu, że określenie “niezatwierdzona” jest niezbyt ścisłym tłumaczeniem łacińskiego terminu “non bullata”. Reguła nie była “niezatwierdzona”, lecz tylko nie posiadała zatwierdzenia przez bullę papieską.
Przez dwa wszakże lata stanowiła prawną podstawę istnienia i życia Braci Mniejszych/. Franciszek podjął się opracowania kolejnej wersji reguły, która ostatecznie została przyjęta przez zakon i aprobowana przez papieża Honoriusza III 29 XI 1223 bullą “Solet annuere Sedes Apostolica”.
Zupełnie nie do przyjęcia w świetle źródeł historycznych jest twierdzenie Paula Sabatiera, a za nim m.in. Leopolda Staffa, że Reguła zatwierdzona została Braciom Mniejszym narzucona przez Kościół, a tym samym przyczyniła się do odejścia zakonu od postaci luźnej wspólnoty braterskiej i stania się organizmem kleryckim, podobnym do innych zakonów, a Franciszek, zrozpaczony zniszczeniem swego dzieła jako wyraz protestu napisał testament. Testament jest świadectwem gorącego pragnienia Franciszka, aby zakon pozostał zawsze katolicki, a bracia dochowali wierności sposobowi życia, który ślubowali. Dla historyka Testament jest nadto świadectwem pewnej ewolucji, jaką przechodził sam Franciszek, stopniowo zdając sobie chyba sprawę, że w tak wielkiej rzeszy braci trzeba postawić na pewne zróżnicowanie form, a z drugiej strony na zaufanie do dojrzałości i odpowiedzialności braci. Stąd też tak w Regule jak i w Testamencie Franciszek pozostawił znaczny margines dobrze pojętej swobody, nawet nie próbując rozstrzygać narastających kontrowersji. Jednakże gdy odchodził z tego świata 3 X 1226, w łonie zakonu dojrzewało już kilka różnych opcji.
U schyłku życia św. Franciszka i w pierwszych latach po jego śmierci Bracia Mniejsi stanowili wspólnotę zakonną będącą dopiero na etapie organizowania się, ale już z pewnymi zarysowanymi strukturami. Najwyższą władzę sprawowała kapituła generalna, zwoływana co trzy lata /choć bywały odstępstwa od tego terminu/, w której mieli prawo uczestniczyć wszyscy bracia, ale prawo głosu przysługiwało tylko prowincjałom i kustoszom. Ta ostatnia funkcja nie jest do końca jasna. Nazwą “kustosz” określano bowiem przełożonego mniejszego okręgu, gdy prowincja była zbyt rozległa, przełożonego grupy braci wędrujących, gwardiana większego klasztoru, niekiedy mającego jakąś władzę nad okolicznymi klasztorami mniejszymi. Bracia prowadzili bardzo zróżnicowany tryb życia: wędrowni kaznodzieje, pracownicy najemni, pustelnicy, ale także prowadzący życie osiadłe, zwłaszcza przy szpitalach, przytułkach dla ubogich /gdzie oddawali się posłudze przy chorych, szczególnie trędowatych/ lub przy opuszczonych kościołach.
W tym czasie pojawiają się też klasztory typowe, z własnymi kościołami; w domach takich umieszczano braci chorych lub studiujących teologię. Po św. Antonim szybko rósł zastęp braci oddających się wykładaniu, nie tylko dla współbraci, ale także na uniwersytetach: już w 1224 r. /a więc jeszcze za życia Franciszka/ mamy braci na katedrach uniwersyteckich w Oksfordzie, Bolonii czy na Sorbonie. Jednocześnie w niektórych klasztorach bracia mający stosowne przygotowanie podejmują się prowadzenia nauczania o charakterze publicznym, zwykle w zakresie trivium. W kościołach przy domach zakonu bracia głoszą Słowo Boże i sprawują sakramenty, zwłaszcza pokuty i Eucharystii, co jednak spotkało się z negatywną rekcją kleru diecezjalnego, a prawnie zostało uregulowane przez Stolicę Apostolską dopiero po kilku latach.